１． 一般社団法人東京都食品衛生協会（食協本部）
食協本部は、地域食協の上部団体として、東京都、特別区などの指導支援に基づき、地域食協のパイプ役、または媒体としてその指導育成を図るとともに、総合的自主管理体制の確立のため各種事業の普及啓発活動を展開しています。
２． 地域食品衛生協会（地域食協）
地域食協は、業種組合の集合体で保健所ごとに設置されています。その活動は、東京都食品衛生協会（食協本部）または地域保健所と連携し、会員の衛生思想の普及向上並びに食中毒事故の未然防止のため自主管理（自分のお店は自分で守る）の活動を展開しています。
また、地域食品衛生協会は、保健所ごとに下記の通り設置されております。
| 事務所名 | 地域食協名 | 管轄地区 | |
| 本 部 | |||
| 銀 座 | 千代田区 | 千代田区 | |
| 中央区 | 中央区 | ||
| 市場 | 中央卸売市場 | ||
| 台東 | 台東区 | ||
| 文京 | 文京区 | ||
| 葛飾区 | 葛飾区 | ||
| 墨田区 | 墨田区 | ||
| 江戸川区 | 江戸川区 | ||
| 江東区 | 江東区 | ||
| 恵比寿 | みなと | 港区 | |
| 渋谷 | 渋谷区 | ||
| 目黒区 | 目黒区 | ||
| 品川 | 品川区 | ||
| 大田区 | 大田区 | ||
| 新 宿 | 新宿区 | 新宿区 | |
| 中野区 | 中野区 | ||
| 世田谷区 | 世田谷区 | ||
| 杉並区 | 杉並区 | ||
| 池 袋 | 豊島区池袋 | 豊島区 | |
| 練馬区 | 練馬区 | ||
| 板橋区 | 板橋区 | ||
| 荒川 | 荒川区 | ||
| 北区 | 北区 | ||
| 足立区 | 足立区 | ||
| 立 川 | 地域食協名 | 地区食協 | 管轄地区 |
| 西多摩 | 青梅 | 青梅市 奥多摩町 | |
| 福生 | 福生市 羽村市 瑞穂町 | ||
| 五日市 | あきる野市 日の出町 檜原村 | ||
| 南多摩 | 日野 | 日野市 | |
| 多摩稲城 | 多摩市 稲城市 | ||
| 八王子 | 八王子市 | ||
| 立川 | 立川市 昭島市 国立市 国分寺市 武蔵村山市 東大和市 |
||
| 町田 | 町田市 | ||
| 北多摩南部 | 小金井 | 小金井市 | |
| 武蔵野 | 武蔵野市 | ||
| 三鷹 | 三鷹市 | ||
| 府中 | 府中市 | ||
| 狛江調布 | 調布市 狛江市 | ||
| 北多摩北部 | 西東京 | 西東京市 | |
| 小平 | 小平市 | ||
| 東久留米 | 清瀬市 東久留米市 | ||
| 東村山 | 東村山市 | ||